L'isola ,con una superficie di 3,06 kmq, è la quarta dell'Arcipelago ed è collocata al centro dello specchio d'acqua formato da Caprera, La Maddalena e la costa di Palau. Da Santo Stefano, assieme a Spargi, vengo le più antiche vestigia di presenza umana sulle isole, testimoniate dai reperti rinvenuti nel tafone di Cala Villamarina (o Vela Marina). Risalgono al neolitico, con presenza di schegge di ossidiana del Monte Arci. L'isola mantiene ancora oggi la sua vocazione militare: è ancora in piedi la torre quandrangolare di Villamarina, da dove Napoleone nel 1793 bombardò La Maddalena; sul lato occidentale si erge il forte San Giorgio costruito nel 1808. Sul lato orientale la base militare statunitense ospita i sottomarini nucleari che spesso possono essere osservati alla fonda, sovrastati dalla grande nave appoggio. A Santo Stefano vi sono anche un villaggio turistico ed i resti della cava di granito, dove tra i semilavorati spicca ancora il busto monumentale di Costanzo Ciano.